Rainer Eppelmann besuchte bis zum Mauerbau 1961 das Johannes-Kepler-Gymnasium in Berlin (West), da ihm der Weg zum Abitur im Osten verweigert wurde. Nach dem Mauerbau arbeitete er in Berlin (Ost) als Dachdeckerhilfsarbeiter und absolvierte eine Ausbildung zum Maurer. 1966 verweigerte er den Wehrdienst und den Fahneneid, was zu einer achtmonatigen Haft führte; danach wurde er sogenannter Bausoldat.
Von 1969 bis 1975 studierte er Theologie an der Predigerschule Paulinum in Berlin und wurde 1975 ordiniert. Zwischen 1974 und 1989 war er Pfarrer in der Berliner Samaritergemeinde und Kreis-Jugendpfarrer in Berlin-Friedrichshain, wo er innerkirchlich umstrittene Bluesmessen und andere Jugendveranstaltungen organisierte. 1982 verfasste er mit Robert Havemann den Berliner Appell "Frieden schaffen ohne Waffen" und engagierte sich in kirchlichen Friedens- und Menschenrechtsgruppen.
Im September 1989 gründete er die Partei Demokratischer Aufbruch (DA) mit und wurde deren Sprecher. Von Dezember 1989 bis März 1990 war er DA-Vertreter am Zentralen Runden Tisch und ab Februar 1990 Minister ohne Geschäftsbereich in der zweiten Regierung Hans Modrow. Ab März 1990 war er Vorsitzender des DA und Abgeordneter der Volkskammer in der Fraktion CDU/DA, ab April 1990 Minister für Abrüstung und Verteidigung in der Regierung Lothar de Maizière.
Seit 1990 ist er Mitglied der CDU und war bis 2005 Abgeordneter des Deutschen Bundestags. Von 1992 bis 1998 leitete er die Enquete-Kommission "Aufarbeitung von Geschichte und Folgen der SED-Diktatur in Deutschland" und anschließend die Kommission "Überwindung der Folgen der SED-Diktatur im Prozess der deutschen Einheit". Seit 1998 ist er Vorstandsvorsitzender der Bundesstiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur. Er war zudem Bundesvorsitzender der Christlich-Demokratischen Arbeitnehmerschaft in der CDU und Mitglied des Bundesvorstands sowie des Präsidiums der CDU. (Vgl. Helmut Müller-Enbergs u.a. (Hg.): Wer war wer in der DDR? Berlin 2000)
